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SARS-CoV-2 : contagiosité, fréquence, résistance au vaccin… ce que l’on sait des principaux variants

Lorsqu’ils se multiplient, les virus peuvent développer des mutations, c’est-à-dire des erreurs conduisant à des modifications de la séquence génétique d’origine, donnant naissance à des variants. Il en va ainsi du SARS-CoV-2 comme des autres virus : c’est un phénomène attendu et courant.

Certaines erreurs n’ont aucune conséquence, d’autres lui confèrent de nouvelles capacités d’adaptation. Certains variants peuvent devenir :

  • plus contagieux ;
  • plus virulents ;
  • moins sensibles à l’immunité acquise par une infection ou une vaccination : on parle d’« échappement immunitaire ».

Les variants sont classés en trois catégories par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) et surveillées dans des bases de données internationales, dont celle du Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (Gisaid) :

  • les variants préoccupants (ou VOC pour variant of concern) par rapport au virus souche. Ils sont plus virulents, plus résistants aux tests diagnostics, traitements ou aux vaccins ;
  • les variants sous surveillance (ou VOI variant of interest), dont il n’a pas encore été déterminé l’impact sur la santé publique mais qu’on retrouve dans plusieurs cas de contamination ou à l’origine de zones de contamination (clusters) ;
  • les variants en cours d’évaluation, dont les conséquences sur la santé publique sont encore indéterminées.

Selon Santé publique France, les variants préoccupants qui circulent actuellement sur le territoire français sont les variants britannique, sud-africain et brésilien. Le variant indien est « sous surveillance ».

File d’attente à Saint-Denis (Seine-Saint-Denis) pour la vaccination contre le Covid-19, le 26 avril 2021.
Lire aussi Les idées claires sur le Covid-19 : les variants
  • Le variant britannique (B.1.1.7)

Aussi appelé « B.1.1.7 », il est signalé en décembre 2020 par le Royaume-Uni, où il est devenu la principale souche. Hautement contagieux, il est répandu dans 139 pays et représente 83 % des cas de Covid-19 en France. « Un virus capable d’infecter facilement l’homme va avoir tendance à se multiplier beaucoup plus vite. C’est typiquement le cas du variant britannique », explique Vincent Maréchal, professeur de virologie à l’université de la Sorbonne.

Cette transmissibilité accrue d’environ + 43 % à + 90 % par rapport au virus d’origine est due à une mutation qui touche la protéine Spike, cible principale de la réponse immunitaire et par laquelle le virus s’introduit dans la cellule. « Cette mutation 501 est associée, en laboratoire, à une plus grande affinité du virus pour son récepteur à la surface des cellules qu’il veut infecter », explique Jean-Claude Manuguerra, responsable de la Cellule d’intervention biologique d’urgence (CIBU) à l’Institut Pasteur.

Le variant britannique est aussi plus virulent et entraîne des formes plus sévères de la maladie avec un plus haut risque d’hospitalisation (de + 40 % à + 64 %) et une mortalité plus élevée (de + 30 % à 70 %).

En revanche, il n’est pas considéré comme un « variant d’échappement », il ne possède pas la modification génétique responsable de la résistance qui se trouve, elle aussi, sur la protéine Spike et porte le nom de E484K.

Dans son rapport épidémiologique hebdomadaire, l’OMS estime que globalement les vaccins sont efficaces face au variant britannique, à l’exception de celui d’AstraZeneca qui pourrait ne pas bloquer suffisamment la transmission du virus. Une conclusion nuancée par l’OMS qui précise que l’étude a été menée sur un petit échantillon de patients et que d’autres données expérimentales sont nécessaires.

En France, la Haute Autorité de santé (HAS) recommande l’utilisation des quatre vaccins disponibles, dont elle estime que les données « suggèrent qu’ils restent actifs contre le variant anglais ».

Lire le décryptage : Neuf questions sur le nouveau variant du SARS-CoV-2 observé au Royaume-Uni
  • Variant sud-africain (B.1.351)

Le variant B.1.351 est apparu à la fin de l’année 2020, d’abord en Afrique du Sud et circule désormais dans 87 pays, selon l’OMS. Aujourd’hui, il représente 5 % des cas en France, 35 % en Moselle et est majoritaire à Mayotte et à La Réunion.

Tout comme le variant britannique, il a une mutation en position 501 qui le rend plus contagieux (+ 50 %) mais présente également une mutation supplémentaire, la E484K, ce qui le rend également plus résistant à certains vaccins et pourrait être à l’origine de réinfections. Selon le conseil scientifique, ce variant est celui qui « présente le plus de risques [d’échappement] ».

Une note scientifique des Centres pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC) américains, précise que, « dans toutes les études, les réductions [de l’efficacité des vaccins] les plus importantes ont été observées pour B.1.351 [sud-africain], suivi de P.1 [brésilien] ».

Le conseil scientifique français explique dans sa note du 12 février que les vaccins à ARN messager (ARNm, comme Pfizer ou Moderna) ont une efficacité diminuée de 30 % sur ce variant. La sensibilité vis-à-vis du vaccin Janssen est aussi conservée : de l’ordre de 50 % avec une protection de 85 % contre les formes sévères. Le vaccin AstraZeneca « est seulement efficace à 60 %-65 % », rappelle-t-il, estimant qu’« une efficacité de 30 % [sur ce variant] ne serait pas étonnante ».

  • Variant brésilien (P1)

Le variant P1 a été détecté le 2 janvier chez un touriste japonais de retour du Brésil. Il s’est répandu dans plus de 54 pays et est responsable de 5 % des cas de Covid-19. En Guyane, il est devenu majoritaire.

Le variant brésilien est plus contagieux (mutation en 501) et plus résistant aux vaccins (mutation E484K) et pourrait causer des cas de réinfection. Une proportion significative de patients avec une forme sévère de Covid-19 est âgé de moins de 50 ans au Brésil, affirme le conseil scientifique dans son avis rendu le 16 avril.

Sa résistance aux vaccins reste toutefois moindre que celle du variant d’Afrique du Sud. Le conseil scientifique rapporte que l’efficacité des vaccins sur le variant brésilien est « conservée mais diminuée ». Il ne reste que partiellement inhibé par des anticorps de sujets infectés par le virus d’origine.

Etant donné la forte présence des variants brésilien et sud-africain dans les outre-mer, la HAS préconise « la poursuite de la stratégie déjà mise en place avec l’utilisation exclusive des vaccins à ARN messager. »

  • Variant indien (B.1.617)

Le variant B.1.617 a été détecté pour la première fois en Inde en octobre 2020 et, selon l’OMS, il est désormais présent dans 17 pays. L’organisation ajoute que la plupart des cas détectés proviennent d’Inde, du Royaume-Uni, des Etats-Unis et de Singapour. Le 29 avril, trois cas de contamination avec le variant indien ont été identifiés en France métropolitaine.

Il possède quinze mutations dont deux communes avec d’autres variants. Il est classé parmi les variants sous surveillance mais se rapproche des variants préoccupants connus, même s’il ne présente pas la mutation 501. Le conseil scientifique précise : « La mutation E484Q est proche mais différente de la mutation E484K qui facilite un échappement partiel aux vaccins. On peut donc s’attendre à une efficacité vaccinale conservée mais diminuée. » Toutefois, aucune prédiction sur sa transmission ou son potentiel d’échappement ne peut encore être établie.

« L’urgence reste de vacciner, rappelle Jean-Claude Manuguerra de l’Institut Pasteur. C’est une course contre la montre, il faut qu’il y ait le maximum de personnes vaccinées avant que des variants ne puissent s’implanter ou se générer. » Et pour cause, plus un virus circule, plus il se multiplie, ce qui augmente la probabilité d’obtenir des mutations avantageuses pour le virus, rendant la bataille contre ce dernier plus complexe.

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